대법원은 “수입거래에 따른 부가가치세를 납부한 시기가 실제 수입시기와 다르고, 나아가 수입세금계산서에 기재된 '납부 연월일'이 수입재화의 공급시기인 수입신고수리일과 동일한 과세기간에 속하지 아니하면, 특별한 사정이 없는 한 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다”고 판결했다.
이 사건에서 세관장은 기존에 수입신고된 수입자 명의가 사실과 다르다는 점을 발견하였다. 이에 따라 세관장은 기존에 발급된 수입세금계산서를 취소한 후 수입자 기재를 정정하여 수입세금계산서를 다시 발급하였다.
이로 인해 새로운 수입세금계산서는 원래의 수입시기가 속한 과세기간이 경과한 후에 발급되었다. 이 경우 실제 수입자는 새로 발급된 수입세금계산서로 매입세액을 공제받을 수 있을까?
부가가치세법은 필요적 기재사항이 적히지 않거나 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 대한 매입세액은 공제하지 않고 있다. 거래금액의 10%에 해당하는 강력한 제재이다. 정확한 세금계산서의 수수가 부가가치세 제도의 토대이기 때문이다.
세금계산서의 필요적 기재사항에는 '작성 연월일'이 있다. 세법은 재화를 공급하면 그 공급한 날로부터 일정한 기간 내에 세금계산서를 작성하여 거래 상대방에게 교부하도록 하고 있다. 이 때 기재되는 날이 작성년월일이다. 작성 연월일이 사실과 다르게 기재된 경우에도 매입세액은 공제되지 않는다. 세법에서는 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 신고기한까지 세금계산서를 발급받은 경우에 매입세액 공제를 허용하고 있다.
수입거래의 경우에는 세관장이 부가가치세를 징수하면서 수입자에게 세금계산서를 발급하게 된다. 수입세금계산서도 기본적으로는 일반 세금계산서와 같은 역할을 한다. 그 기재사항은 대부분 일반 세금계산서의 그것과 유사하지만 일부 차이가 있다. 예를들어 수입세금계산서에는 작성 연월일을 기재하지 않고, 대신 '납부 연월일'을 기재하도록 되어 있다.
대법원은 수입세금계산서에 기재되는 '납부 연월일'이 일반 세금계산서의 '작성 연월일'에 대응하는 것으로 보았다. 물품을 수입하는 경우 재화의 공급시기는 수입신고수리일이 된다. 따라서 수입신고수리일이 속하는 과세기간이 지난 후의 날짜를 납부 연월일로 하여 작성된 수입세금계산서의 매입세액은 공제되지 않는 것으로 판단하였다.
이번 판결은 수입세금계산서의 매입세액 공제 여부에 대한 판단은 '납부 연월일'이 수입신고수리일이 속하는 과세기간 내인지를 기준으로 한다는 점을 분명하게 제시하였다. 그러나 수입세금계산서는 국가기관인 세관장이 발행하는데도 이를 부인하여야 하는 지는 의문이다.
또한 납세자 간의 상호검증을 위하여 세금계산서 발급과 재화 공급이 동일 과세기간 내에 이루어질 필요가 있으나, 수입세금계산서는 세관장이 이를 확인하므로 특별히 문제될 것이 없다. 과세실무는 수입신고수리일이 속한 과세기간을 경과한 후 발급된 수입세금계산서에 대해서도 매입세액 공제를 인정해왔다.
이러한 점에서 수입세금계산서의 납부연월일과 수입신고수리일이 속한 과세기간이 다르다는 이유로 매입세액을 불공제하는 것이 타당한지 의문이다. 대법원2016.10.13.선고 2016두39849 판결
