세무조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통해 획득한 자료 등에 비추어 보아 종전 세무조사와 실질적으로 같은 과세요건에 대한 조사일 경우 중복세무조사로 위법하다는 판결이 나왔다.
세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사이지만 납세자 또는 거래상대방은 세무공무원의 질문에 대답하고 검사를 받아들여야 할 법적 의무를 부담하게 된다.
그러나 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로(대법원 2017.3.16. 선고, 2014두8360 판결) 세법은 예외적인 경우를 제외하고는 재조사를 금지하고 있다.
이 사건에서 세무조사를 받던 A법인은 과거 대주주가 아들에게 주식을 양도한 것으로 기재되어 있는 주주명부를 제출하였다. 그러나 이를 증여로 보더라도 과세할 수 있는 기간이 경과하여 증여세를 과세할 수 없었다. A법인은 세무조사 직후 결산서 부속명세서의 주주명부에 명의수탁자로 기재되어 있는 주주 명의를 아들로 정정하였다.
그 후 감사원은 대주주가 주식의 실소유자인 것이 분명한데 임의로 작성된 주주명부를 근거로 증여세 부담 없이 주식이 아들에게 이전되는 부당한 결과를 초래하였다는 감사결과를 내 놓았다. 이에 따라 감사원은 해당 세무당국에 부족 징수된 관련 증여세 등을 추가 징수하는 방안을 마련하라고 통보하였다.
이에 따라 과세당국은 다시 세무조사를 실시해 최초 제출한 주주명부는 허위이고, 그 세무조사 직후 주주명의를 정정한 것은 실소유주인 대주주가 아들에게 주식을 증여한 것이라고 보아 증여세를 과세하였다.
대법원은 “후속 세무조사는 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료 등에 비추어 보아 종전 세무조사와 실질적으로 같은 증여사실에 대한 것이라고 봄이 타당하므로, 후속 세무조사를 별개의 증여 사실에 대한 세무조사라고 할 수 없다”고 판단하였다.
이 사건에서 주주명의 정정을 통한 증여가 성립하기 위한 전제로서 누가 주식의 실질적인 소유자인지가 포함되어 있고, 종전 세무조사 결과에도 불구하고 이를 다시 밝히는 것이 후속 세무조사의 주된 목적 중 하나였다고 볼 수 있다. 결국 후속 세무조사에서 이루어진 실제 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료 등이 실질적으로 종전 세무조사와 다름없어 보인다고 판단한 대상판결은 타당하다고 보인다.
이 판결은 형식적으로 다른 과세사실과 요건을 내세워 세무조사를 하더라도 그 실질이 선행 세무조사의 연장이거나 그 조사결과를 부인하는데 불과하다면 이 역시 중복세무조사에 해당한다고 판시해 중복세무조사의 인정범위를 넓혔다. 다만, 이와 관련 과연 어느 경우가 실질적으로 동일한 세무조사인지를 판단하는 것은 구체적인 사안에 따라 다르다는 점을 유의해야 할 것으로 보인다. 대법원 2018. 6. 19. 선고 2016두1240 판결
