국세청은 최근 질의회신문을 통해 "착오로 영세율 사업자가 10%의 세율을 적용한 세금계산서를 교부하고 신고·납부한 경우 수정 세금계산서를 통해 경정 청구가 가능하다"고 밝혔다.
국세청은 이어 "영세율 사업자는 수정세금계산서를 교부해 경정 청구할 경우 납부한 세액에 대해 환급이 가능하다"고 덧붙였다.
지난 2월 조특법 제105조 제1항 제3호에 의거 부가가치세 영세율을 적용 받는 도시철도 차량운행시스템 구축사업을 하는 사업자가 이미 지급된 선금 및 기성에 대해 부가가치세 환급이 가능한지 질의했었다.
부가가치세법에 따르면 사업자가 영세율 적용대상 거래에 대해 착오로 10%이 세율을 적용한 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부한 경우 '부가가치세법 시행령' 제59조 제5호의 규정에 따라 영세율을 적용하는 수정세금계산서를 교부할 수 있다.
수정세금계산서를 교부한 사업자는 '국세기본법' 제45조의 2 규정에 의해 경정 등의 청구를 통해 이미 납부한 부가가치세를 환급 받을 수 있다.
국세기본법에 의한 경정청구는 최초신고 및 수정신고 한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 결정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.
[참고 질의회신 : 부가-225, 2010. 2.4]
